PAUPを使って分子系統樹を描く(距離行列法、簡単版)
作業の流れ
- ClustalXなどを使って、塩基配列のアライメントを行い、NEXUS形式にする。
- 変換したファイルをMacCladeで確認後、保存する。
- このファイルをPAUPで開いて系統樹を計算する。
手順
1.配列のアライメント
■ClustalXの場合
- 目的の配列を開き、Alignment>Do complete aligmnentでアラインする。
- File>Save alignment asでNEXUSフォーマットを選んで保存する。
■DNASISの場合
- Multiple Editで配列をアラインする。
- File>Save listでTEXT形式で保存する。
- 保存したファイルをデスクトップ左下隅にあるDNASIS2Nexusという名前のアイコン上にドラッグする。
- 元のファイルと同じフォルダ内に元のファイル名.nexというファイルができるはず。もしエラーが出たら國分に報告すること。
2.MacCladeで確認
- 元のファイル名.nexというファイルができているはずなので、これをダブルクリックするとMacCladeが起動する。
このとき、エラーが出るようなら國分に報告すること。変換ソフトを書き換える必要がある。
- うまく開けたらCharacters>Color Cellsで塩基/アミノ酸ごとに色をつけると見やすくなる。
- データに間違いがないことを確認したら改めて保存する。(上の変換ソフトに今一つ自信がないので)
3.PAUPによる系統樹の描き方
- File>Openでファイルを開く。
- Analysis>Distanceで距離行列法に切り替える。
- Analysis>NJ Trees/UPGMAで系統樹を計算する。
- Trees>Print NJ treeで印刷する。
2004年10月24日作成、2004年10月24日更新
國分 尚
hkokubun@faculty.chiba-u.jp