PAUPを使って分子系統樹を描く(距離行列法、簡単版)

作業の流れ

  1. ClustalXなどを使って、塩基配列のアライメントを行い、NEXUS形式にする。
  2. 変換したファイルをMacCladeで確認後、保存する。
  3. このファイルをPAUPで開いて系統樹を計算する。

手順

1.配列のアライメント

■ClustalXの場合

  1. 目的の配列を開き、Alignment>Do complete aligmnentでアラインする。
  2. File>Save alignment asでNEXUSフォーマットを選んで保存する。

■DNASISの場合

  1. Multiple Editで配列をアラインする。
  2. File>Save listでTEXT形式で保存する。
  3. 保存したファイルをデスクトップ左下隅にあるDNASIS2Nexusという名前のアイコン上にドラッグする。
  4. 元のファイルと同じフォルダ内に元のファイル名.nexというファイルができるはず。もしエラーが出たら國分に報告すること。

2.MacCladeで確認

  1. 元のファイル名.nexというファイルができているはずなので、これをダブルクリックするとMacCladeが起動する。
    このとき、エラーが出るようなら國分に報告すること。変換ソフトを書き換える必要がある。
  2. うまく開けたらCharacters>Color Cellsで塩基/アミノ酸ごとに色をつけると見やすくなる。
  3. データに間違いがないことを確認したら改めて保存する。(上の変換ソフトに今一つ自信がないので)

3.PAUPによる系統樹の描き方

  1. File>Openでファイルを開く。
  2. Analysis>Distanceで距離行列法に切り替える。
  3. Analysis>NJ Trees/UPGMAで系統樹を計算する。
  4. Trees>Print NJ treeで印刷する。

2004年10月24日作成、2004年10月24日更新

國分 尚
hkokubun@faculty.chiba-u.jp